Zásobování českobudějovické nemocnice léky zajišťovaly před druhou světovou válkou střídavě jednotlivé městské lékárny. Za okupace byly zásobováním pověřeny výhradně německé lékárny "U Matky Boží" a "U Bílého orla". Po osvobození byla největší zodpovědnost za zásobování svěřena lékárně se státní správou "U Matky Boží". Postupné rozšiřování českobudějovické nemocnice si vyžádalo i podstatný růst objemu zásobování léky a zdravotnickým materiálem. Brzy tak vyvstala naléhavá nutnost zřízení vlastní ústavní lékárny v areálu nemocnice.
V první etapě byla 1. ledna 1949 uvedena do provozu výdejna léků v 1. poschodí starého interního pavilonu. Výdejna zajišťovala zásobování hromadně vyráběnými léčivými přípravky, požadavky na individuálně připravované léky předávala k přípravě dalším budějovickým lékárnám. Velmi brzy se ukázalo, že tento způsob zásobování je nevyhovující. Zřízení samostatné nemocniční lékárny se ukázalo jako jediné vhodné řešení.
Samostatná lékárna byla otevřena v říjnu 1950 ve třech suterénních místnostech nově zbudovaného infekčního pavilonu. Toto umístění bylo považováno za provizorium a skutečně v letních měsících 1951 došlo k přemístění lékárny do samostatného objektu mezi kožním a gynekologickým pavilonem, kterému se později dostalo přiléhavého názvu „domeček“. Součástí lékárny bylo od roku 1958 oddělení přípravy sterilních léků, které bylo umístěno v suterénu dětského oddělení. Po reorganizaci zdravotnictví v roce 1960 bylo toto oddělení převedeno do Krajského skladu léčiv a zdravotnického materiálu.
Postupem času byly pro lékárnu získány další prostory. Rekonstruovaný „domeček“ se stal centrem přípravy léčiv, sklad HVLP byl umístěn v suterénu gynekologicko-porodnického pavilonu, sklad zdravotnického materiálu v suterénu psychiatrického pavilonu, sklad infuzních roztoků a příprava dialyzačního koncentrátu v dnes již zbouraném lignátu.
V 80. a počátkem 90. let byla lékárna umístěna celkem v sedmi objektech. Bylo jasné, že takto roztříštěný provoz lékárny nemůže splňovat požadavky stále se rozšiřující nemocnice.
Koncem 80. let byl vypracován projektový záměr tzv. lékárenského centra, sestávajícího z lékárny (včetně doposud chybějícího oddělení přípravy sterilních léčiv), z oddělení zdravotnického materiálu, laboratoře pro kontrolu léčiv a z lékárenského oddělení LS KÚNZ. K realizaci tohoto projektu nedošlo díky polistopadovému vývoji. I když základní idea byla správná, nesl projekt znaky socialistické megalomanie. Objekt měl mít 5 pater a téměř 3000 m2 provozní plochy. Byl projektován podle tehdejší typizační směrnice.
V polovině 90. let byl pro lékárnu upraven objekt po bývalých dílnách a statistice. Přestěhovalo se sem oddělení HVLP, výdej pro veřejnost a sklad infuzních roztoků s přípravou dialyzačního koncentrátu. Zásadní problémy, zejména absence oddělení sterilních léků, tím ale vyřešeny nebyly. Proto byla uvítána možnost zbudovat novou ústavní lékárnu v objektu po protetickém oddělení.
Koncem měsíce února 2003 byla uvedena do provozu nová budova nemocniční lékárny. V nové lékárně bylo umístěno oddělení přípravy léků s nově zřízeným pracovištěm pro přípravu sterilních léků a oddělení hromadně vyráběných léčivých přípravků. Výdej léčiv pro veřejnost byl v souladu s koncepcí výstavby nemocnice spolu s pohotovostí umístěn ve vstupním "terminálu".
V roce 2010 bylo v ústavní lékárně uvedeno do provozu nové pracoviště Centrální přípravy cytostatik. Je vybaveno robotem pro automatickou přípravu cytostatik a dvěma izolátory pro manuální přípravu cytostatik. Online propojení s onkologickým oddělením zajišťuje okamžité předání požadavků na přípravu. Kromě onkologického oddělení připravujeme cytostatika pro dětské oddělení a oddělení klinické hematologie.
V říjnu 2014 byly zrekonstruovány a rozšířeny výdejní prostory pro veřejnost lékárny ve vstupním „terminálu“.
Současně bylo v roce 2014 v budově ústavní lékárny nově zřízeno výdejní místo pro veřejnost se vchodem z ulice L. B. Schneidera. Cílem je zlepšit dostupnost lékárenské péče, zpříjemnit prostředí pacienta a nabídnout širší paletu léčiv a volně prodejných přípravků. Konzultační činnost ve vyhrazených prostorách lékárny umožňuje věnovat se rozboru medikace pacienta, hodnotit vliv potravních doplňků a režimových opatření na úspěšnost jeho léčby, vysvětlit a názorně předvést správnou aplikaci předepsaných lékových forem.
Od roku 2015 dochází ke kontinuálnímu rozvoji klinicko-farmaceutické péče poskytované hospitalizovaným pacientům. V témže roce je zahájena příprava parenterální výživy pro potřeby Neonatologického oddělení.
V roce 2016 dochází k navýšení počtu výdejních míst ve veřejné lékárně ve vstupním Terminále.
V roce 2018 dochází k rozšíření prostor laboratoří určených pro přípravu nesterilních lékových forem a modernizaci vybavení laboratoře nákupem technologie Unguator.
Od druhého pololetí roku 2019 v rámci změny organizační struktury Nemocnice České Budějovice, a.s. lékárna zajišťuje přípravu radiofarmak pro Oddělení nukleární medicíny.
