Onkologické oddělení je zařazeno do sítě komplexních onkologických center (KOC), která jsou garantována Českou onkologickou společností ČLS JEP a jsou oprávněna provádět veškerou onkologickou léčbu a léčbu ionizujícím zářením včetně nákladné cytostatické a cílené biologické terapie.
Onkologické oddělení je umístěno v budově centrálního pavilonu. V suterénu jsou 3 vyšetřovny radioterapie s recepcí, 2 ozařovny s lineárními urychlovači TrueBeam, CT simulátor Canon Aquilion LB s vyšetřovnou, brachyterapie a RTG terapeutický přístroj ve společné aplikační místnosti a pracují ve střídavém režimu. V suterénu centrálního pavilonu je umístěn i fyzikálně technický úsek s veškerým zázemím, stanice plánování léčby, dozimetrie a mechanická dílna.
V přízemí je recepce, 6 ambulancí, kartotéka, přijímací kancelář a centrum klinické onkologie a pracovna psychologa. V 5. patře stejného pavilonu je lůžková stanice, kde jsou pokoje pro hospitalizované pacienty, lékařské vyšetřovny, sesterny a sekretariát oddělení. Samostatnou jednotkou v rámci ambulantní části je Centrum klinické onkologie zpracovávající data pro Národní onkologický registr.
Součástí oddělení je šest ambulancí
Lůžková část v 5. patře centrálního pavilonu má 34 lůžek a 5 lůžek na jednotce intenzivní péče. V rámci lůžkové stanice je 10 lůžek pro pacienty Oddělení nukleární medicíny Nemocnice České Budějovice. Všechny pokoje pro pacienty jsou vybaveny televizorem, sprchou a WC. V 5. patře je umístěna onkologická jednotka intenzivní péče se čtyřmi samostatnými boxy. Onkologické oddělení není vybaveno žádnými nadstandardními pokoji. Chodící pacienti mohou na každé stanici využívat jídelnu, kde je automat na kávu a je možné si zde vypůjčit knihy. Sesterský provoz lůžkové stanice je společný pod vedením ONO, s autonomním lékařským vedením ONO a Oddělením nukleární medicíny (ONM).
V 5. patře je dále umístěn denní stacionář s 32 aplikačními místy, který slouží pro ambulantní podávání chemoterapie, bioterapie, moderní imunoterapie, infuzí a krevních derivátů. Denní stacionář ONO zajišťuje i ambulantní aplikace cytostatik a biologické léčby pro hematologické oddělení.
Oddělení je akreditováno pro postgraduální specializační vzdělávání v oborech „Radiační onkologie“ a „Klinická onkologie“.
Na Onkologickém oddělení probíhá i odborná praxe studentů bakalářského studia oboru radiologický asistent na Zdravotně sociální fakultě Jihočeské univerzity.
