Neurochirurgické oddělení poskytuje veškerou zdravotní péči pro celý jihočeský kraj a část kraje Vysočina. Disponuje celkem 47 lůžky, z toho je 12 lůžek JIP s kompletním monitoringem životních funkcí. Sídlí v 3. patře v budově pavilonu CH. Lůžkovou část tvoří devět třílůžkových, jeden dvoulůžkový a dva jednolůžkové pokoje. Na každém pokoji je televize i možnost připojení k internetu. Navíc lůžková část disponuje jídelním koutem a vyšetřovnou. Standard ošetřovatelské péče je zabezpečen personálem specializovaným v péči o neurochirurgické pacienty ve spolupráci s konziliárními odborníky všech souvisejících oborů. Samozřejmostí je péče fyzioterapeutů na lůžkovém oddělení i JIP.
Počet přijetí za rok se pohybuje okolo 1300 pacientů. Ambulantně poskytuje péči přes 14000 pacientům ročně. Počet operačních výkonu se pohybuje kolem 2000 operací ročně.
Neurochirurgické oddělení je jediné zařízení v Jihočeském kraji. Stejně tak v kraji Vysočina není žádná neurochirurgie. Oddělení patří mezi velké české neurochirurgie, z nichž většina ostatních jsou fakultní zařízení.
Pro pacienty po krvácení z prasklé mozkové výdutě se standardně provádí vyšetření tzv. Transkraniálním dopplerem - TCD. Jde o vyšetření mozkových cév k průkazu vasospazmů – reakce mozkových cév na proběhlé krvácení. V rukou neurochirurga jde o specializované neinvazivní vyšetření, které je prováděno v poloze na zádech.
Ve spolupráci s Radiologickým oddělením se ambulantně provádí neinvazivní vyšetření magnetickou rezonancí s kvantifikací průtoků mozkových cév (qMRA), které dokáže vyhodnotit cerebrovaskulární rezervu před indikací k operaci mozkového bypassu.
Ve spolupráci s Oddělením úrazové chirurgie se poskytuje hospitalizační péče pro pacienty s úrazy mozku, míchy, páteře a periferních nervů.
Ve spolupráci s Neurologickým oddělením se poskytuje péče pro pacienty s akutní cévní mozkovou příhodou a operací karotické tepny na krku při jejím uzávěru nebo zúžení.
Ve spolupráci s Onkologickým oddělením se organizuje každé pondělí neuroonkologický tým, kde se indikují pacienti k multioborové léčbě s nově zjištěnými nádory mozku a páteře. Pacientům po operacích nádorů mozku a páteře se zde sdělují výsledky histologických a molekulárně genetických vyšetřeních a určuje se další navazující léčba (dispenzarizace, chemoterapie, radioterapie, gama nůž).
