Interní oddělení funguje jako klasická interna s nediferencovaným příjmem pacientů. Jsou zde ošetřováni nemocní s interními chorobami s výjimkou akutních stavů v kardiologii, gastroenterologii a pneumologii, které vyžadují invazivní řešení.
Interní oddělení je akreditovaným pracovištěm pro vzdělávání lékařů v interním kmeni a ve specializačním vzdělávání pro lékaře v oboru vnitřní lékařství, nefrologie, revmatologie, osteologie, diabetologie, endokrinologie, angiologie.
Interní oddělení představuje výukovou základnu pro studenty Střední zdravotnické školy, Vyšší odborné zdravotnické školy v Českých Budějovicích, pro Zdravotně sociální fakultu Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, pro Lékařské fakulty University Karlovy v Praze .
