Oddělení klinické hematologie se zaměřuje na diagnostiku a léčbu onemocnění krvetvorby a poruch srážlivosti krve. Patří mezi Centra s rozšířenou hematologickou péčí a poskytuje tak specializovanou diagnostickou, léčebnou a konziliární činnost nejen pro Nemocnici České Budějovice, a.s., ale i další zdravotnická zařízení v Jihočeském kraji. Spolupracuje s ostatními hematologickými a interními odděleními okresních nemocnic, kdy v odůvodněných případech přebírá pacienty z těchto pracovišť do dlouhodobé péče, zejména v rámci zajištění protinádorové terapie závažných krevních chorob.
Ambulance disponuje denním stacionářem umožňující ambulantní léčbu transfúzními přípravky a krevními deriváty, která je nedílnou součástí léčebného procesu hematologicky nemocných.
V ambulanci klinické hematologie jsou prováděny diagnostické odběry kostní dřeně k následným speciálním laboratorním vyšetřením i pro potřeby ostatních pracovišť v kraji.
Hodnocení cytologie kostní dřeně, včetně konzultačních, dále interpretace rozborů krve (krevního obrazu, krevní srážlivosti - koagulace) pak probíhá v laboratoři hematologie Centrálních laboratoří jako navazující činnost.
Ambulance klinické hematologie se věnuje také problematice vyhledávání a léčby chorob s nadměrným srážením krve, dále dispenzarizuje nemocné s vrozenými a získanými krvácivými stavy (např. hemofilie).
Jako jediné pracoviště v regionu provádí léčebné aferetické výkony (laicky „čištění“ krve), především erytrocytaferézy a dále výměnné plazmaferézy nejen u hematologických, ale i dalších (např. neurologických) onemocnění.
Oddělení klinické hematologie při poskytování péče o hematologicky nemocné úzce spolupracuje s řadou oddělení nemocnice, ale i Fakultními nemocnicemi a transplantačními centry.
Léčba hemato-onkologických onemocnění probíhá v prostorách denního stacionáře onkologického oddělení, kde je podávána ambulantní chemoterapie či imunochemoterapie. Lůžková hematologická péče je zajištěna na interním oddělení nemocnice.
Součástí činnosti je i podíl na výuce a vzdělávání pre- a postgraduálních studentů středních a vysokých škol.