Chirurgické výkony můžeme rozdělit na výkony plánované a urgentní.
Výkony urgentní, které nesnesou odkladu, se provádějí na chirurgickém oddělení v kteroukoliv denní a noční dobu. Jde nejčastěji o náhlá onemocnění břišní, která jsou ve svém důsledku život ohrožující. Tým sloužících lékařů je plně kompetentní provádět potřebné výkony v době ústavní pohotovostní služby.
V oblasti chorob zažívacího traktu jsou prováděny téměř všechny typy operací, používáme techniky klasické i laparoskopické, ve speciálních případech operací nádorů tlustého střeva a konečníku využíváme i chirurgii robotickou.
Chirurgické oddělení dále disponuje i operačním rektoskopem, kterým je možno léčit zhoubná i nezhoubná onemocnění konečníku, pokud onemocnění svým uložením a velikostí odpovídá technickým a biologickým možnostem této metody.
V oblasti operační léčby nádorů prsu se řídíme podle doporučení mammárního onkotýmu, respektujeme potřebnou radikalitu a individualitu pacientek. Ve spolupráci s oddělením nukleární medicíny provádíme detekci tzv. sentinelové uzliny. Ve vybraných případech je možné provést rekonstrukci prsu v jedné době ve spolupráci s plastickým chirurgem.
Chirurgické oddělení se též specializuje na operativu v oblasti štítné žlázy a příštítných tělísek. Operujeme pacienty doporučené specialistou endokrinologem z celého Jihočeského kraje.
Zvýšený výskyt a častější diagnostika nádorů slinivky břišní, žlučových cest a jater si vyžádaly rozvoj chirurgických výkonů zabývajících se touto složitou oblastí. Jde o operace časově i technicky náročné a specialisté je provádějí jako jediní v kraji.
Specializace v problematice břišních kýl se zabývá nejen operacemi častých kýl břišní stěny, ale i velkými monstrózními kýlami, které vyžadují nejmodernější operační techniky, používáme techniky klasické i laparoskopické.
Oblast dětské chirurgie vychází z potřeb chirurgického léčení pacientů hospitalizovaných na Dětském a Neonatologickém oddělení naší nemocnice, specialisté zajišťují veškerou operativu vyjma vrozených vývojových vad.
Pracoviště se dále zabývá v celé šíři operacemi žilního systému, zvláště v oblasti pánve a dolních končetin, tepenné rekonstrukce jsou prováděny našimi specialisty v úzké spolupráci s Oddělením kardiochirurgie, hrudní a cévní chirurgie.