Hygiena a epidemiologie jsou obory preventivní medicíny. Oddělení nemocniční hygieny a epidemiologie se v rámci své činnosti zaměřuje na tvorbu a aktualizaci vnitřních hygienických standardů. Dále kontroluje dodržování protiepidemických zásad, provádí a hodnotí stěry z nemocničního prostředí atd. Oddělení má konziliární a zásadně nerepresivní charakter. Spolupracuje s orgánem ochrany veřejného zdraví. Koordinuje vzdělávání zaměstnanců v oblasti hygienické legislativy.