Do Budějovic nastoupil Miloš Velemínský v roce 1969 a začal se zabývat nefrologií a neonatologií. Zvláště v neonatologii, tedy péči o novorozence, dosáhl nebývalých úspěchů.
„O děti, které se narodily s váhou pod jeden kilogram se nikdo moc nezajímal, byla tu novorozenecká úmrtnost dvacet, pětadvacet promile“, vzpomíná Miloš Velemínský na tehdejší stav zdravotnictví, „nechci se chlubit, ale měl jsem tenkrát hodně nastudováno, a tak jsem v Budějovicích zavedl intenzivní péči o novorozence. Byli jsme první v republice.“