Oddělení zahájilo svou činnost v roce 1949. Primářem se stal MUDr. Josef Švejda, který předtím docházel jako konciliář do nemocnice cca od roku 1946. Vrchní sestrou se stala Dagmar Dvořáčková. Ambulantní část oddělení byla umístěna ve 2. patře staré budovy a měla celkem 3 křesla, z nichž jedno, v samostatné místnosti, bylo využíváno jako operační sálek. Přibližně v roce 1954 byl zřízen operační sál v 1. patře. V sousedství ambulantní části byla i protetická laboratoř, kde pracovaly 3 laborantky. Místnost mezi oběma ordinacemi sloužila jako kancelář i pracovna primáře. Lékařský pokoj byl v přízemí zadního traktu staré budovy v areálu vodoléčby.
Lůžková část oddělení cca s 15 lůžky a dalším příslušenstvím byla v suterénu gynekologicko.-porodnického oddělení.
Po zahájení provozu oddělení byl zde krátkou dobu jako sekundář MUDr. Stanislav Doležal, který později přešel na kožní oddělení, MUDr. Jiřina Laclová, MUDr. Walter Mautschka a dentista Jaroslav Zelený.
V roce 1952 odchází primář Švejda na místo přednosty stomatologické kliniky lékařské fakulty F. Palackého do Olomouce. V témže roce byl primářem oddělení jmenován MUDr. Jan Blažek, který předtím působil v Českém Krumlově. V roce 1953 nastoupil na oddělení MUDr. Pavel Chochola. Dr. Ladislav Straka, který byl dalším pracovníkem oddělení, zahájil činnost na úseku ortodoncie v ordinaci zřízené v přízemí vily dr. Příbrzského, kde byla i laboratoř.
V majetku nemocnice byla i pojízdná zubní ambulance, původně v malém autobusu zn. Praga, později pak v upraveném interiéru velkého autobusu. Toto pojízdné zařízení bylo využíváno v rámci celého kraje zejména k preventivním prohlídkám školní mládeže a dorostu, ale i dospělé populace. S ambulancí jezdil p. Votava a jako ošetřující dentista p. Zelený. V dalších letech byla využívána podle požadavků jednotlivých okresů Jihočeského kraje.
Přibližně v roce 1957 byla ambulantní část oddělení přemístěna do zadaptovaných prostor v přízemí pravého traktu staré budovy. Bylo zde celkem pět zubních souprav, z nichž jedna v samostatné místnosti byla využívána jako závodní ordinace zaměstnanců nemocnice. Ošetřujícím byl dentista p. Zelený. Tato ordinace byla později přemístěna do volné místnosti v přízemí vily dr. Příbrzského. Součástí ambulance byla kancelář oddělení, pracovna primáře oddělení a po odstěhování závodní ordinace i místnost vrchní sestry. Protetická laboratoř byla ve stejném podlaží proti ambulanci.
Lůžková část oddělení byla přemístěna ze suterénu gynekologicko- porodnického do prostorů původní ambulance ve 2. patře staré budovy.
Z oddělení odešli postupně dr. Laclová a dr. Matuschka a na kratší či delší dobu na oddělení působili dr. Zichová, dr. Michl, dr. Hrubý, dr. Hajný, dr. Kačabová, Dr. Janová a dr. Tomková.
Lékařský kádr oddělení se stabilizoval. Postoupně nastoupili dr. Fügner, dr. Terč, dr. Filip, dr. Stecherová, dr. Mácová, dr. Urbanová, dr. Dvořák, dr. Richterová, dr. Kotásek, dr. Rezek a dr. Nožička.
Po reorganizaci zdravotnictví v roce l960 a vznikem Krajského ústavu národního zdraví (KÚNZ) byl primář oddělení jmenován do funkce krajského odborníka. Jeho pracovní náplní byla kontrolně metodická činnost v rámci kraje. V tomto směru s ním spolupracovala i vrchní sestra. Stal se členem poradního sboru hlavního odborníka MZD a působil jako člen zkušební komise při atestačních zkouškách 1. stupně stomatologů Jihočeského kraje.
V té době byl dr. Chochola ředitelem KÚNZ ustanoven do funkce zástupce ředitele krajské nemocnice.
V roce 1965 byla do uvolněných prostor ve 2. patře zadního traktu staré budovy po nutných stavebních a instalačních pracích přemístěna lůžková část oddělení s veškerým příslušenstvím (inspekční pokoj sester, kuchyňka, jídelna pacientů, hygienická zařízení). Byl zde vybudován a optimálně vybaven operační sál s předsálím, sterilizací a příjmovou ordinací, dále pak pracovna primáře oddělení a lékařský pokoj.
V nových podmínkách bylo rozšířeno spektrum operativy. Kromě běžných stomatochirurgických zákroků a traumatologických případů zde byly prováděny operace pacientů s vývojovými anomáliemi čelistí a pacientů s nádorovými onemocněními, včetně chemoterapie cytostatiky. Operační sál byl pravidelně využíván pro ošetření nespolupracujících pacientů, zejména dětí a osob s onemocněním parodontu.
Uvolněná pracovna primáře v přízemí byla zadaptována na protetickou laboratoř. Další laboratoř byla uvedena do provozu v přízemí vily dr. Příbrzského pro spolupráci s ortodontickým úsekem oddělení.
Všichni lékaři zajišťovali v rámci nočních služeb pro pacienty oddělení i lékařskou službu první pomoci (LSPP) pro celý kraj. Později byli do těchto služeb o sobotách, nedělích a svátcích zapojeni i lékaři stomatologové z OÚNZ v Českých Budějovicích.
Většina lékařů oddělení působila jako externí učitelé střední zdravotnické školy (SZŠ) v Českých Budějovicích ve třídě oboru zubní laborant. Později dr. Richterová a laborant p. Havel vyučovali na SZŠ jako externí učitelé.
V roce 1866 odchází z oddělení Dr. Fügner do Tunisu v rámci mezinárodní pomoci rozvojovým zemím. Na oddělení se již nevrátil. Emigroval v roce 1969 do Švýcarska.
V roce 1968 byl zahájen provoz léčebny tuberkulózy a respiračních nemocí (LTRN) jako zařízení KÚNZ ve Vyšším Brodě – Hrudkově. Po zařízení zubní ordinace byla zde jedenkrát týdně zajišťována lékařem a sestrou stomatologického oddělení péče o pacienty i personál léčebny až do roku 1990.
Stomatologické oddělení KNsP zajišťovalo jako školící centrum Jihočeského kraje krátkodobou popromoční praxi absolventů lékařské fakulty, přípravu lékařů k atestaci 1. stupně a později i k vyšší specializaci. Byl zde realizován kurz spojený s praxí u křesla pro dosud pracující dentisty jihočeského kraje.
Lékaři oddělení se aktivně zúčastňovali přednáškovou činností pracovních schůzí spolku lékařů v Českých Budějovicích, krajských oborových konferencí i na celostátních akcích (tzv. Purkyňkách). Zorganizovali v Českých Budějovicích celostátní sjezd stomatologů – ortodontistů (1987) i celostátní sjezd sester pracujících ve stomatologii (1989). Na jmenovaných akcích se někteří lékaři oddělení zúčastnili aktivně odbornými přednáškami.
Dr. Straka a později primář dr. Blažek úspěšně obhájili své kandidátské práce a získali titul kandidát věd (CSc.).
Lékaři oddělení po absolvování odborných školení úspěšně složili atestace vyššího stupně (dr. Chochola 2. stupně a nástavbovou atestaci ze sociálního lékařství a z organizace zdravotnictví, dr. Terč – stomatochirurgie, dr. Filip – parodontologie, dr. Stecherová – čelistní ortopedie, dr. Mácová – pedostomatologie, Dr. Kotásek – stomatochirurgie, dr. Rezek – 2. stupeň, Dr. Nožička – protetická stomatologie).
Jako ordináři se později podíleli ve spolupráci s krajským stomatologem na metodické a kontrolní činnosti na stomatologických odděleních OÚNZ Jihočeského kraje.
V roce 1974 po dohodě s podnikovým ředitelstvím Jihočeských pekáren, které sídlilo v sousedství SZŠ, byla vybudována stomatologická ordinace, jednak pro výuku budoucích zubních laborantů, kterým zde byly demonstrovány jednotlivé ordinační fáze protetického ošetření pacientů, jednak jako závodní ordinace zaměstnanců Jihočeských pekáren. Po zahájení činnosti tohoto zařízení zde pracovali dr. Chochola, dr. Mácová, později dr. Dvořák a další.
V roce 1975 odchází dr. Straka a v roce 1981 primář dr. Blažek do důchodu. Dr. Stecherová se ujímá vedení ortodontického úseku oddělení. V roce 1981 nastoupil jako primář oddělení dr. Jaroslav Opravil a dr. Chochola byl jmenován krajským odborníkem. V roce 1980 byla zřízena stomatologická ordinace v suterénu dětského oddělení, kde působila jako pedostomatolog dr. Mácová. V té době pracovalo na stomatologickém oddělení KNsP celkem asi 37 zaměstnanců ( 10 lékařů, 13 sester –SZP, 2 NZP, 9 laborantů, 12 administrativní pracovnice, a 2 pomocnice). V roce 1982 nastoupila na oddělení dr. Kožušská, která pracovala jako závodní stomatolog v nově zřízené ordinaci v přízemí ubytovny KÚNZ. V roce 1990 byl usnesením vlády v souvislosti s ukončením činnosti Krajského národního výboru (KNV) zrušen i KÚNZ a také funkce krajských odborníků. V roce 1991 odchází do důchodu vrchní sestra Dvořáčková a vrchní sestrou oddělení se stává sestra Jana Cimbůrková. V roce 1992 odchází do důchodu dr. Chochola, Dr. Terč přechází jako vedoucí revizní lékař do Všeobecné zdravotní pojišťovny (VZP), kam později jako revizní stomatolog nastoupila i dr. Kožušská. V roce 1993 nastoupil na oddělení dr. Pavel Střihavka.
Pracoviště ambulantní části oddělení bylo dočasně pronajato dvěma lékařům oddělení pro jejich soukromou praxi. V činnosti bylo ponecháno jen jedno křeslo pro LSPP a jedno pro nově nastoupivší lékařku dr. Neumannovou, která zajišťovala ambulantní službu i pro pacienty ostatních oddělení nemocnice.
Celá ambulantní i lůžková část byla zrušena v roce 2002. V dolním areálu nemocnice zahájilo činnost stomatochirurgické oddělení bez vlastní lůžkové části. Pro hospitalizaci pacientů jsou využívána lůžka očního a ORL resp.traumatologického oddělení. Zde pokračovali v činnosti primář dr. Opravil, dr. Kotásek, dr. Střihavka a dr. Neumannová,. 1. ledna 2003 byl ustaven do funkce primáře oddělení dr. Střihavka. V roce 2004 odchází do důchodu dr. Opravil.
V současné době pracuje na oddělení 5 lékařů, 7 SZP a 1 NZP.