Laboratoř hematologie se zaměřuje na diagnostiku krevních chorob včetně chorob srážení krve. Provádí vyšetření jak pro potřeby českobudějovické nemocnice, tak v úzké specializaci pro potřeby celého Jihočeského kraje. Kromě vyšetření krve se zde provádí vyšetření kostní dřeně včetně speciálních barvení. Samostatnou problematikou je vyšetření stavů nadměrného srážení krve, kde hematologická laboratoř zajišťuje a koordinuje ve spolupráci s ostatními laboratořemi komplexní diagnostiku.