Laboratoř virologie poskytuje komplexní diagnostiku chorob způsobených viry, chlamydiemi a mykoplasmaty. Virologická laboratoř má krajskou působnost, v některých oblastech poskytuje specializované služby a konzilia na celorepublikové úrovni. Snahou je zajišťovat nejen kvalitní výsledky vyšetření, ale také je interpretovat a poskytovat konziliární služby klinickým lékařům z nemocnic i terénu. Pracovníci virologické laboratoře spolupracují při výuce na Střední zdravotnické škole České Budějovice, na Jihočeské univerzitě a 2. lékařské fakultě Univerzity Karlovy v Praze i při postgraduálním vzdělávání.